Trước đó, sáng 10/4, trong khi đang đánh bắt trên vùng biển Quy Nhơn, tàu cá PY-40087 TS của ông Võ Trọng Lưu (44 tuổi, ngụ phường Xuân Thành, thị xã Sông Cầu, Phú yên) bị một tàu hàng đâm mạnh vào đuôi khiến tàu bị chìm, thuyền trưởng Võ Trọng Lưu cùng hai ngư dân khác trên tàu chỉ kịp nhảy xuống biển thoát thân.
Trong khi đó, tàu hàng tăng tốc bỏ chạy, bỏ mặc cho ngư dân kêu cứu. Lúc này, tàu cá PY-3572 của ông Phạm Văn Hòa (ngụ cùng địa phương) chạy đến cứu vớt kịp thời ba ngư dân bị nạn.
Nhận tin báo của ngư dân, Bộ chỉ huy bộ đội biên phòng tỉnh Phú Yên đề nghị Bộ chỉ huy bộ đội biên phòng tỉnh Bình Định phối hợp hỗ trợ điều tra.
Qua kiểm tra lịch trình ra vào cảng Quy Nhơn, Đồn biên phòng cửa khẩu cảng Quy Nhơn phát hiện tàu biển Pacific Express Sai Gon có IMO 9167851 cập cảng Quy Nhơn lúc 11 giờ ngày 24/4 có đặc điểm nhận dạng giống lời kể của các ngư dân bị nạn. Kết quả kiểm tra nhật ký hàng hải, kế hoạch hành trình của tàu Pacific Express Sai Gon trùng khớp với thời gian, địa điểm tàu cá bị tông chìm.
Qua nhận dạng, chủ tàu cá cũng xác định chính tàu hàng Pacific Express Sai Gon đã tông chìm tàu cá của mình. Đại diện tàu Pacific Express cũng thừa nhận đã gây ra vụ tai nạn trên.