Cơ quan thẩm định cũng đề nghị Bộ GTVT phối hợp với Bộ Y tế để quy định mức phạt, hình thức xử phạt, biện pháp khắc phục hậu quả bảo đảm thống nhất với hành vi quy định tại Nghị định số 117/2020/NĐ-CP ngày 28/9/2020 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực y tế.
Bộ Tư pháp đề nghị cơ quan chủ trì soạn thảo bỏ quy định tại Khoản 8 Điều 80 Nghị định số 100/2019/NĐ-CP quy định chủ phương tiện, nếu không hợp tác với cơ quan chức năng, không chứng minh hoặc không giải trình được mình không phải là người đã điều khiển phương tiện thực hiện hành vi vi phạm thì bị xử phạt theo quy định. Bộ Tư pháp cho rằng, người có thẩm quyền xử phạt phải có trách nhiệm chứng minh vi phạm hành chính, trường hợp chủ phương tiện không hợp tác với cơ quan chức năng để xác định đối tượng đã điều khiển phương tiện thực hiện hành vi vi phạm thì có thể xử phạt đối với hành vi không thực hiện theo yêu cầu, không hợp tác với cơ quan chức năng…
Về việc thi hành các hình thức xử phạt vi phạm hành chính, các biện pháp khắc phục hậu quả trong lĩnh vực hàng hải; giao thông đường bộ, đường sắt và hàng không dân dụng, báo cáo thẩm định của Bộ Tư pháp cho rằng, Ban soạn thảo Nghị định cần quy định rõ trình tự, thời gian, cách thức tổ chức thực hiện đối với nhiều hình thức xử phạt trên cơ sở quy định về hình thức xử phạt tại Điều 21 của Luật Xử lý vi phạm hành chính như: “Đình chỉ việc xây dựng, cải tạo, nâng cấp cảng biển hoặc xây dựng, lắp đặt các công trình, thiết bị khác có thời hạn”; “đình chỉ việc tiếp nhận tàu thuyền hoạt động tuyến quốc tế vào cảng biển” hay biện pháp khắc phục hậu quả thuộc thẩm quyền của Chính phủ như “buộc phải hạ phần hàng xếp vượt quá trọng tải cho phép chở của xe ô tô”, “buộc phải thực hiện các biện pháp khắc phục tình trạng ô nhiễm môi trường và báo cáo kết quả đã khắc phục xong hậu quả vi phạm”, theo đúng quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính và để bảo đảm tính khả thi của việc thi hành các quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong thực tế.