Theo cáo trạng, từ năm 2011 đến năm 2014, Chủ tịch OceanBank Hà Văn Thắm (đã xử lý ở giai đoạn 1) chỉ đạo chi lãi ngoài hợp đồng hơn 1.000 tỷ đồng để thu hút khách hàng gửi tiền. OceanBank thực hiện việc này công khai, định kỳ đều gửi báo cáo tài chính cho Ban Kiểm soát. Bùi Văn Hải là Trưởng ban không chỉ đạo kiểm tra, ngăn chặn dẫn đến việc chi lãi ngoài hợp đồng ngày càng nghiêm trọng.
Từ năm 2012 đến 2013, Ban Kiểm soát thành lập Đoàn kiểm toán nội bộ để kiểm tra hoạt động nghiệp vụ kế toán tài chính và chuyên đề chi lãi suất ngoài hợp đồng. Đoàn đã phát hiện nhiều khoản tạm ứng lớn hàng chục tỷ đồng không ghi ngày hoàn ứng (bản chất là tiền chi lãi suất ngoài hợp đồng). Do Bùi Văn Hải không có chỉ đạo, Ban Kiểm soát không kịp thời phát hiện sai phạm để có kiến nghị xử lý, hạn chế thiệt hại cho các cổ đông OceanBank.
Đáng lưu ý cáo trạng Viện KSND tối cao truy tố bị can Bùi Văn Hải là điều tra mở rộng giai đoạn 2 của vụ án Hà Văn Thắm. Cáo trạng nêu rõ, trách nhiệm dân sự với thiệt hại của vụ án đã được giải quyết tại giai đoạn một bằng Bản án phúc thẩm số 281/2018/HSPT ngày 4-5-2018 của TAND cấp cao tại Hà Nội.
Trước đó, tại Bản án hình sự sơ thẩm số 330/2017/HS-ST ngày 29-9-2017 của TAND TP Hà Nội xác định: Các bị cáo Hà Văn Thắm, nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị OceanBank; Nguyễn Minh Thu và Nguyễn Xuân Sơn, cùng nguyên Tổng Giám đốc OceanBank đều khai, tất cả các cuộc họp của Hội đồng quản trị đều mời Ban Kiểm soát. Bị cáo Nguyễn Thị Nga, nguyên Giám đốc Khối Tài chính kế hoạch khai thường xuyên gửi báo cáo cho kiểm toán và Ban Kiểm soát.
Bị cáo Nguyễn Lưu Nam, nguyên Giám đốc OceanBank Chi nhánh Quy Nhơn khẳng định Bùi Văn Hải có 2 lần trực tiếp làm Trưởng đoàn kiểm tra Chi nhánh Quy Nhơn, trong đó có 1 lần kiểm tra riêng về chuyên đề chi lãi ngoài. Do vậy, Tòa án xác định Bùi Văn Hải biết rõ OceanBank thu phí và chi lãi ngoài trái pháp luật nhưng không có biện pháp ngăn chặn hành vi vi phạm và đề nghị cơ quan CSĐT Bộ Công an điều tra làm rõ.
Qua điều tra, đã xác định, trong thời gian từ năm 2011 đến năm 2014, Hà Văn Thắm chỉ đạo chi lãi ngoài huy động vốn cho các khách hàng gửi tiền trên toàn hệ thống OceanBank. Bùi Văn Hải là Trưởng ban Kiểm soát OceanBank, nhận thức đầy đủ vai trò, trách nhiệm trong kiểm soát hoạt động của ngân hàng theo quy định của pháp luật.
Tuy nhiên, Bùi Văn Hải đã không thực hiện đúng, đầy đủ chức trách, nhiệm vụ theo quy định tại Điều lệ và Quy chế hoạt động của Ban Kiểm soát, không có các biện pháp ngăn chặn, xử lý đối với việc OceanBank chi lãi ngoài trái quy định của ngân hàng, vi phạm Điều 21, 22 Quy chế và hoạt động của Ban Kiểm soát OceanBank. Bản chất của những khoản tạm ứng này chính là để chi lãi ngoài.
Sau khi kiểm tra, thành viên của 2 Đoàn kiểm toán đã báo cáo và chuyển 2 bản kiểm toán này cho Bùi Văn Hải nhưng Bùi Văn Hải không chỉ đạo để làm rõ nội dung, mục đích các khoản tạm ứng này. Từ đó, không kịp thời phát hiện sai phạm để có kiến nghị xử lý, hạn chế thiệt hại cho các cổ đông OceanBank.
Kết quả điều tra giai đoạn I của vụ án Hà Văn Thắm đã xác định: Từ năm 2010 đến ngày 31-11-2014, tổng số tiền OceanBank đã sử dụng chi lãi ngoài và những việc khác là 1.576 tỷ đồng, trong đó số tiền xác định chi lãi ngoài là 1.050 tỷ đồng. Hà Văn Thắm và các đối tượng có liên quan đã bị truy cứu trách nhiệm hình sự về hành vi này.
Hành vi thiếu trách nhiệm của Bùi Văn Hải đã để cho Hà Văn Thắm và Ban lãnh đạo OceanBank chi lãi ngoài trái quy định, gây thiệt hại cho OceanBank số tiền hơn 1.050 tỷ đồng. Trách nhiệm dân sự đối với hậu quả thiệt hại đã được giải quyết tại Bản án phúc thẩm số 281/2018/HSPT ngày 4-5-2018 của Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội.