Theo đó, ông Nguyễn Văn Hiến bị truy tố về tội "thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Các bị can: Bùi Như Thiềm, Bùi Văn Nga, Đoàn Mạnh Thảo, Trần Trọng Tuấn bị truy tố về tội "vi phạm quy định về quản lý đất đai"; Đinh Ngọc Hệ, Phạm Văn Diệt và Vũ Thị Hoan bị truy tố tội "lừa đảo chiếm đoạt tài sản"
Cựu Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Nguyễn Văn Hiến.
Cáo trạng kết luận, quá trình triển khai thực hiện chủ trương của Thường vụ Đảng ủy Quân chủng Hải quân, bị can Nguyễn Văn Hiến đã không kiểm tra, tin tưởng cấp dưới nên đã ký, phê duyệt các văn bản để đưa 3 khu đất quốc phòng vào liên doanh làm kinh tế không đúng quy định của Bộ Quốc phòng, của Chính phủ và Luật Đất đai năm 2003; không kiểm tra và chỉ đạo kiểm tra năng lực thực tế của Công ty Yên Khánh; không kiểm tra việc góp vốn bằng giá trị quyền sử dụng đất 3 khu đất; không kiểm tra việc thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng.
Sau khi ủy quyền cho Giám đốc Công ty Hải Thành ký hợp đồng, bị can Hiến đã không trực tiếp kiểm tra việc thực hiện của các cơ quan và Công ty Hải Thành, dẫn đến bị đối tác sử dụng Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mang đi thế chấp, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển nhượng quyền sở hữu cho bên thứ ba; không nắm được quy định của pháp luật về việc phải nộp tiền sử dụng đất,...
Hậu quả, Quân chủng Hải quân mất quyền quản lý, sử dụng 3 khu đất (số 2, số 7-9, số 9-11 đường Tôn Đức Thắng, TP HCM) trong thời gian 49 năm, gây thất thoát cho ngân sách Nhà nước số tiền hơn 939 tỷ đồng.
Trước đó, Cơ quan Điều tra hình sự Bộ Quốc phòng đã phối hợp với Viện Kiểm sát quân sự trung ương thi hành quyết định khởi tố bị can với ông Nguyễn Văn Hiến, theo khoản 3 điều 360 Bộ luật hình sự năm 2015: "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” .
Ngày 3/9, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã ký quyết định thi hành kỷ luật xóa tư cách nguyên tư lệnh Quân chủng Hải quân đối với ông Nguyễn Văn Hiến - nguyên thứ trưởng Bộ Quốc phòng, nguyên tư lệnh Quân chủng Hải quân.