Chương trình này thực hiện ở 21 tỉnh miền núi phía Bắc, Tây Nguyên và Nam Trung Bộ giai đoạn 2016-2020, được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số1415/QĐ-TTg.
Mục tiêu của Chương trình đạt 235.000 đấu nối cấp nước; 680 xã đạt vệ sinh toàn xã; Số nhà tiêu hợp vệ sinh hộ gia đình được xây mới hoặc cải tạo khoảng 400.000; Số công trình vệ sinh công cộng được xây mới hoặc cải tạo 2.650 công trình; Giảm mạnh phóng uế bừa bãi và tăng mạnh tỷ lệ dân số thường xuyên thực hành hành vi vệ sinh tốt.
Chương trình được thiết kế gồm có 3 hợp phần gồm: Cấp nước nông thôn; Vệ sinh nông thôn và Nâng cao năng lực truyền thông, giám sát, đánh giá. Bộ Y tế là cơ quan chủ quản chịu trách nhiệm quản lý, điều phối chung thực hiện Hợp phần 2 (Vệ sinh nông thôn) và các hoạt động thay đổi hành vi về vệ sinh của Hợp phần 3.
Đảm bảo cung ứng nước sạch cho khu vực nông thôn là một trong những hợp phần của chương trình
6 tháng đầu năm 2018, Bộ Y tế đã phối hợp với Ngân hàng Thế giới và Ban điều phối hướng dẫn các tỉnh đăng ký kiểm đếm kết quả đầu ra năm 2017. Kết quả sơ bộ kiểm đếm kết quả đầu ra công tác đảm bảo vệ sinh năm 2017 cho thấy, việc đạt vệ sinh thôn xóm là 25/188 xã (13%). Trong đó, số xã đạt tiêu chí hộ gia đình có nhà tiêu được cải thiện: 52 xã; Có chỗ rửa tay với xà phòng: 57 xã; Trạm y tế có nước sạch và nhà tiêu hợp vệ sinh: 31 trạm.
Về tiến độ lập kế hoạch năm 2018, tính đến 20/8 đã có 7 tỉnh đã phê duyệt chương trình gồm Đắk Lắk, Lạng Sơn, Yên Bái, Sơn La, Kon Tum, Lai Châu, Lâm Đồng. Trong khi đó, 14 tỉnh đang trình phê duyệt là Hà Giang, Cao Bằng, Bắc Cạn, Bắc Giang, Tuyên Quang, Điện Biên, Gia Lai, Hòa Bình, Ninh Thuận, Bình Thuận, Đắc Nông, Phú Thọ, Lào Cai, Thái Nguyên.