Quá trình thanh tra, Đoàn đã làm việc với 14 nhà thầu chính đang thi công 14 gói thầu tại Dự án và 12/26 nhà thầu phụ tham gia thi công. Hầu hết các nhà thầu chính chủ yếu làm công tác quản lý, giám sát và nghiệm thu, thanh toán với các nhà thầu phụ thi công các gói thầu mà nhà thầu chính đã trúng thầu. Trong quá trình thanh tra chỉ có 12 nhà thầu phụ có báo cáo về việc chấp hành pháp luật LĐ theo đề cương báo cáo khi Đoàn đến làm việc tại nhà thầu chính, còn lại 14 nhà thầu phụ khác không chấp hành và không cung cấp hồ sơ, báo cáo theo đề cương cho Đoàn thanh tra.
Tổng số LĐ đang làm việc tại công trường xây dựng của các doanh nghiệp (DN) được thanh tra là 4.246 LĐ. Trong đó, có 54 LĐ là người nước ngoài, không có LĐ chưa thành niên và LĐ là người cao tuổi theo quy định. 3/25 doanh nghiệp còn chậm đóng tiền bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp cho cơ quan Bảo hiểm xã hội địa phương với tổng số tiền là 2.044.370.468 đồng là Tổng Cty tư vấn thiết kế dầu khí- CTCP, Cty cổ phần Ecoba Việt Nam và Cty cổ phần Viegon; các DN khác đã thực hiện việc trích nộp đầy đủ tiền bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp cho cơ quan bảo hiểm xã hội theo quy định.
Dự án Lọc hóa dầu Nghi Sơn.
Qua thanh tra đã phát hiện 206 sai phạm của 25 doanh nghiệp (trung bình có 8,24 sai phạm/DN). Kết thúc thanh tra tại DN, Đoàn thanh tra đã lập biên bản thanh tra với từng nhà thầu chính và trong biên bản có nội dung một số nhà thầu phụ đã báo cáo và cung cấp hồ sơ, tài liệu làm việc với Đoàn thanh tra. Biên bản đã chỉ ra những nội dung mà các DN đã thực hiện hoặc chưa thực hiện theo quy định của pháp luật LĐ; đồng thời, yêu cầu các DN được thanh tra khắc phục ngay một số sai phạm có nguy cơ gây mất an toàn LĐ.
Thanh tra Bộ LĐ-TB&XH cho biết, qua thanh tra, Đoàn đã phát hiện một số nội dung mà phần lớn các DN chưa thực hiện hoặc thực hiện chưa đầy đủ quy định của pháp luật LĐ như: Chưa thực hiện báo cáo định kỳ 6 tháng và hàng năm về tình hình thay đổi LĐ và tình hình tai nạn LĐ với cơ quan quản lý nhà nước tại địa phương; ghi hợp đồng LĐ không cụ thể tại các mục công việc việc phải làm, mục thời giờ làm việc, mục chế độ nâng lương và mục phương tiện bảo vệ cá nhân theo quy định (22 DN); ký hợp đồng thuê lại LĐ với các DN không được cấp giấy phép cho thuê lại LĐ và sử dụng các LĐ thuê lại làm công việc không thuộc danh mục công việc được thực hiện cho thuê lại LĐ theo quy định (03 DN); chưa bố trí cho người LĐ được nghỉ tính bình quân ít nhất 04 ngày/tháng (10 DN); chưa xây dựng thang lương, bảng lương, định mức LĐ theo quy định (09 DN); vi phạm quy định về trả tiền lương làm việc vào ngày nghỉ hàng tuần, làm việc vào ngày lễ, tết theo quy định (5 DN); chưa xây dựng nội quy LĐ đảm bảo đúng các quy định của pháp luật LĐ hiện hành (12 DN); chưa phân loại, thống kê đầy đủ số LĐ làm công việc nặng nhọc, độc hại, nguy hiểm theo quy định (7 DN); chưa xây dựng kế hoạch an toàn, vệ sinh lao động và cải thiện điều kiện LĐ hàng năm (11 DN); chưa đo lường các yếu tố có hại tại nơi làm việc theo quy định (14 DN); chưa mở sổ thống kê, theo dõi các vụ tai nạn LĐ, sự cố nghiêm trọng theo quy định (6 DN)...
Căn cứ Báo cáo kết quả thanh tra của Trưởng đoàn thanh tra và Biên bản thanh tra, Chánh Thanh tra Bộ đã ban hành Kết luận thanh tra đối với từng DN được thanh tra. Qua đó, yêu cầu Tổng Giám đốc (Giám đốc) DN và các nhà thầu phụ khắc phục các sai phạm đã được phát hiện qua thanh tra, đồng thời báo cáo kết quả thực hiện kiến nghị về Thanh tra Bộ LĐ-TB&XH và Thanh tra Sở LĐ-TB&XH tỉnh Thanh Hóa.