Kết luận của Thanh tra TP. Hồ Chí Minh chỉ rõ Dự án Khu nhà ở Phước Long B (quận 9), Sagri không thực hiện thuê công ty thẩm định giá khi chuyển nhượng dự án cho Tổng Công ty CP Phong Phú là sai. Việc Sagri ký hợp đồng hợp tác kinh doanh với Phong Phú trong phân chia lợi nhuận là không đảm bảo quyền lợi của công ty. Sagri ký hợp đồng ủy quyền cho Công ty Phong Phú ký kết với khách hàng đặt mua nhà và việc Phong Phú ký 77 hợp đồng vay vốn, đặt cọc, mua nhà liên kết trong khi dự án đầu tư chưa được lập, phê duyệt, chưa hoàn tất hạ tầng kỹ thuật là không đúng Luật Nhà ở.
Sagri ủy quyền cho Tổng Công ty CP Phong Phú tìm kiếm đối tác góp vốn, khách hàng mua nhà tại dự án (Hợp đồng ủy quyền số 149/HĐUQ-TCT và Phụ lục 1 hợp đồng). Trên thực tế, Tổng Công ty CP Phong Phú ký các hợp đồng huy động vốn (thực chất là phân lô bán nền) từ năm 2012. Do đó, việc Sagri có Công văn số 488/TCT-KHĐT ngày 16/5/2017 gửi UBND thành phố, Sở Xây dựng cam kết chưa huy động vốn từ khách hàng để thực hiện dự án với mọi hình thức là báo cáo không trung thực, có khả năng gây thiệt hại cho doanh nghiệp nếu không phát hiện ngăn chặn kịp thời.
Sagri chuyển nhượng 28% phần vốn góp (thực chất chuyển nhượng quyền sử dụng đất đã hoàn chỉnh hạ tầng kỹ thuật) cho Phong Phú nhưng không qua đấu giá để xác định giá thị trường là không thực hiện theo quy định về đầu tư vốn nhà nước vào doanh nghiệp và quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại doanh nghiệp…
Không chỉ vậy mà dự án Cụm công nghiệp Láng Le - Bàu Cò, Sagri đồng ý cho Phong Phú thay thế Công ty Hồng Lĩnh và ký hợp đồng hợp tác kinh doanh với Phong Phú để tiếp tục thực hiện dự án nhưng không xin ý kiến của UBND TP. Hồ Chí Minh. Qua rà soát hồ sơ, dự án chưa thực hiện hạ tầng kỹ thuật (chỉ san lấp một phần diện tích khoảng 30ha/89.444ha), do đó không đủ điều kiện chuyển đổi chủ đầu tư theo quy định của luật đất đai. Thanh tra thành phố cũng kết luận, dự án được UBND thành phố chấp thuận chủ trương đầu tư từ năm 2004 nhưng đến nay chưa triển khai thực hiện gây lãng phí đất đai.
Đối với dự án đầu tư xây dựng Nhà máy giết mổ Củ Chi triển khai từ năm 2010 đến nay hơn 8 năm nhưng Sagri chưa xây dựng hoàn chỉnh, chưa đưa vào khai thác sử dụng. Dự án chậm tiến độ làm ảnh hưởng việc khai thác, phục vụ nhu cầu cung cấp thực phẩm sạch cho người dân thành phố. Ngoài ra, người đại diện vốn Sagri thực hiện biểu quyết việc chuyển nhượng tổng diện tích 36.617,6m2 tại xã Cửa Cạn (huyện Phú Quốc) tại Công ty CP Lâm nghiệp Sài Gòn trước khi có tờ trình báo cáo xin ý kiến Hội đồng Thành viên Tổng Công ty là vi phạm Điều 49 Luật Quản lý, sử dụng vốn Nhà nước đầu tư vào sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp; Vi phạm Hợp đồng thuê đất với Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Kiên Giang.
Từ những thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm theo kết luận trên, Thanh tra TP. Hồ Chí Minh kiến nghị Chủ tịch UBND TP. Hồ Chí Minh giao Chủ tịch hội đồng thành viên Sagri: Tổ chức kiểm điểm làm rõ trách nhiệm tổ chức, cá nhân thời kỳ có liên quan đến việc chấp hành các quy định pháp luật trong công tác quản lý, sử dụng đất đai; quản lý, sử dụng tài chính; thực hiện dự án và chuyển nhượng dự án tại Sagri.
Khẩn trương chấm dứt việc sử dụng vốn vay không đúng mục đích. Chấm dứt việc chi lương cho người lao động vượt so với quỹ lương được phê duyệt. Chấn chỉnh việc mua sắm, thanh lý tài sản cố định, công cụ, dụng cụ đảm bảo đúng trình tự thủ tục quy định…
Giao Chánh thanh tra thành phố chuyển nộp ngân sách nhà nước số tiền 18.791.380.638 đồng, là số tiền thu nộp từ khoản lợi nhuận của Sagri từ việc cho thuê các mặt bằng, nhà đất không đúng quy định theo Quyết định số 334/QĐ-TTTP-P7 ngày 10/12/2018 của Thanh tra thành phố.