Bị truy tố cùng tội danh với ông Lê Huy Toàn còn có Võ Mỹ (58 tuổi, nguyên chuyên viên Phòng quản lý đô thị thành phố Nha Trang), Lương Như Giáp (35 tuổi, nguyên chuyên viên Phòng tài chính - kế hoạch thành phố Nha Trang). Hai bị can Vũ Thị Mai Hương (51 tuổi, nguyên Chủ tịch Ủy ban nhân dân phường Phước Long) và Võ Đức Cường (41 tuổi, nguyên công chức địa chính, xây dựng, đô thị, môi trường Ủy ban nhân dân phường Phước Long) bị truy tố về tội Vi phạm quy định về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất.
Theo cáo trạng, năm 2015, Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định chấp thuận đầu tư dự án khu độ thị Hoàng Long, chủ đầu tư là Công ty TNHH MTV Đầu tư xây dựng và địa chất UPGC (Công ty UPGC).
Dự án được Ủy ban nhân dân thành phố Nha Trang phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ tái định cư và thành lập hội đồng 11 thành viên, do ông Lê Huy Toàn làm Chủ tịch. Tổ công tác 7 người giúp việc cho hội đồng gồm: Đỗ Thế Vinh (tổ trưởng), Nguyễn Ngọc Khánh (nhân viên Công ty UPGC), Châu Trần Thái Huyền (cán bộ Phòng tài nguyên và môi trường thành phố Nha Trang), Huy Tôn Hạnh (đại diện hộ có đất bị thu hồi). Ba người còn lại là Võ Đức Cường, Võ Mỹ, Lương Như Giáp.
Từ năm 2014 đến 2016, một số cá nhân được giao trách nhiệm trong công tác bồi thường, hỗ trợ tái định cư, trước hết là ông Lê Huy Toàn, Chủ tịch hội đồng đã thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Cụ thể, ông Lê Huy Toàn đã chủ trì tất cả cuộc họp của hội đồng để xét, phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ tái định cư với thành phần tham gia hầu hết là thành viên tổ công tác, không phải thành viên hội đồng. Các thành viên tổ công tác gần như được giao quyền từ giai đoạn kiểm kê hiện trạng ban đầu đến xét duyệt hồ sơ. Điều này tạo sơ hở cho một số bị can lợi dụng tham gia xuyên suốt quá trình mà không có sự kiểm soát, thẩm tra lại.
Từ đó dẫn đến việc quyết định bồi thường, hỗ trợ tái định cư không đúng, sai đối tượng, sai lệch diện tích, sai về nhà, loại đất.
Hành vi sai phạm của các bị can đã làm thiệt hại hơn 278 triệu đồng. Đồng thời, UBND TP Nha Trang phải hủy bỏ 71/77 hồ sơ có quyết định bồi thường, hỗ trợ tái định cư để xác minh lại từ đầu. Các sai phạm tạo dư luận phức tạp trong nhân dân, ảnh hưởng đến uy tín của Nhà nước.
Đối với Đỗ Thế Vinh, Nguyễn Ngọc Khánh và Huy Tôn Hạnh đã bị truy cứu trách nhiệm hình sự về tội giả mạo trong công tác theo quyết định khởi tố vụ án hình sự ngày 21/12/2017, với Châu Trần Thái Huyền, do đóng góp tích cực trong quá trình điều tra nên được miễn xem xét trách nhiệm hình sự. Một số cá nhân khác là thành viên Hội đồng, cán bộ đo vẽ, cảnh sát khu vực, hộ dân..., quá trình điều tra xác định hành vi chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự.
Từ năm 2002, Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa phê duyệt quy hoạch chi tiết khu dân cư tây đường Lê Hồng Phong tổng diện tích 229 ha. Trong đó, dự án khu dân cư số 2 được phê duyệt quy hoạch chi tiết tháng 12/2014. Đến tháng 2/2015, dự án khu dân cư số 2 (sau đổi tên thành dự án khu độ thị Hoàng Long) được giao cho Công ty UPGC, với diện tích gần 26 ha.
Sau khi được giao dự án, chủ đầu tư là Công ty UPGC đã san lấp một số diện tích đất đìa tôm và phân lô bán nền. Còn khu dân cư có nhà cửa công ty này không tiến hành bồi thường, giải tỏa khiến người dân bức xúc.
Người dân ở dự án Hoàng Long cho biết rất nhiều lần chủ đầu tư đến đo đạc lập hồ sơ, nhưng họ chưa hề được bồi thường, tái định cư như cam kết. Nhiều năm dự án không triển khai khiến cuộc sống của họ khổ sở. "Cả chục năm nhà cửa không được sửa chữa, mưa thì lụt, nắng nóng không chịu nổi. Không biết bao nhiêu đơn từ được gửi đi, nhưng dự án không triển khai", anh Dương Ngọc Sang, người có nhà trong dự án nói.