Trước đây, ông Khanh từng trải qua các chức vụ: Trưởng phòng Tài chính UBND huyện Bến Cát (cũ), sau đó giữ chức Phó chủ tịch đến Chủ tịch UBND thị xã Bến Cát, rồi đến Bí thư thị xã Bến Cát. Giữa năm 2016, ông Khanh bị cách chức Bí thư thị xã Bến Cát, điều động về Ban Tổ chức Tỉnh ủy Bình Dương cho đến nay.
Vào tháng 11/2016, Ban Thường vụ Tỉnh ủy đã trao quyết định điều động ông Nguyễn Hồng Khanh, Bí thư Thị ủy Bến Cát, về Ban Tổ chức Tỉnh ủy. Ông Bùi Duy Hiền, Trưởng ban Nội chính Tỉnh ủy, được điều động về Thị ủy Bến Cát.
Ông Nguyễn Hồng Khanh (bên trái) khi còn đương chức Bí thư Thị ủy Bến Cát
Qua quá trình kiểm tra, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Bình Dương đã có kết luận các vi phạm của Ban Thường vụ và cá nhân lãnh đạo Thường trực Thị ủy Bến Cát. Theo đó, trong giai đoạn từ tháng 10/2015 đến hết tháng 6/2016, ban thường vụ này đã có vi phạm trong việc chấp hành quy chế làm việc, nguyên tắc sinh hoạt Đảng. Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy cũng chỉ ra việc Ban Thường vụ Thị ủy có dấu hiệu can thiệp sâu vào công việc của chính quyền ở một số mặt.
Đối với từng cá nhân, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy cũng chỉ ra nhiều sai phạm của bí thư, chủ tịch UBND, chủ tịch HĐND thị xã.
Theo đó, ông Nguyễn Hồng Khanh, Tỉnh ủy viên, Bí thư Thị ủy, phải chịu trách nhiệm chính đối với các vi phạm của Ban Thường vụ Thị ủy. Đồng thời, ông Khanh phải chịu trách nhiệm trực tiếp về những vấn đề: Không đề xuất tham mưu cho tập thể Thường trực, Ban Thường vụ bàn bạc quyết định một số vấn đề quan trọng mà tự cá nhân quyết định thay cho tập thể.
Ông Khanh cũng đề xuất Ban Thường vụ một số vấn đề không phù hợp, thiếu cân nhắc về thời điểm, thiếu chỉ đạo kiểm tra, giám sát trong công tác cán bộ…