Tại Nghị định số 140 quy định miễn LPTB đối với: Đất được giao hoặc cho thuê để đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, đầu tư xây dựng nhà để chuyển nhượng. Các trường hợp này khi đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng với cơ quan nhà nước có thẩm quyền để cho thuê hoặc tự sử dụng thì tổ chức, cá nhân được Nhà nước giao đất hoặc cho thuê đất phải nộp LPTB.
Trường hợp tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng để tiếp tục đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng hoặc xây dựng nhà để chuyển nhượng thì được miễn nộp LPTB (việc thực hiện miễn nộp LPTB chỉ trong trường hợp người tổ chức, cá nhân đăng ký quyền sử dụng, quyền sở hữu tài sản). Tuy nhiên, tại điểm này cũng quy định: Trường hợp tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng kết cấu hạ tầng, nhà khi đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng với cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì phải nộp LPTB.
Do đó, tại dự thảo nghị định mới này, Bộ Tài chính đề xuất bỏ quy định “Trường hợp tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng kết cấu hạ tầng, nhà khi đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng với cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì phải nộp LPTB”.
Bên cạnh đó, tại Điều 83 và 86 Luật Đất đai năm 2013 quy định: "Người sử dụng đất khi Nhà nước thu hồi đất ngoài việc được bồi thường theo quy định còn được Nhà nước xem xét hỗ trợ, trong đó có hỗ trợ tái định cư đối với trường hợp thu hồi đất ở mà phải di chuyển chỗ ở. Trường hợp người có đất thu hồi được bố trí tái định cư mà tiền bồi thường, hỗ trợ không đủ để mua một suất tái định cư tối thiểu thì được Nhà nước hỗ trợ tiền đủ để mua một suất tái định cư tối thiểu".
Từ đó, Nghị định số 140 quy định miễn LPTB đối với: “Nhà, đất được bồi thường (kể cả nhà, đất mua bằng tiền được bồi thường, hỗ trợ) khi Nhà nước thu hồi nhà, đất theo quy định của pháp luật”.
Còn Thông tư số 301/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định, giá tính LPTB đối với giá nhà, đất tái định cư là giá nhà, đất được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, đã được cân đối bù trừ giữa giá đền bù nơi bị thu hồi nhà, đất và giá nhà, đất nơi tái định cư. Như vậy, mức thu LPTB đối với nhà, đất tái định cư chỉ tính trên phần chênh lệch giữa giá trị nhà, đất nơi tái định cư và giá trị đền bù nhà, đất nơi bị thu hồi.
Do vậy, để đảm bảo đồng bộ với quy định của pháp luật đất đai về bồi thường, hỗ trợ khi nhà nước thu hồi đất và pháp luật LPTB về miễn LPTB đối với trường hợp nhà, đất được bồi thường, Bộ Tài chính đề xuất bổ sung quy định miễn LPTB đối với trường hợp nhà, đất tái định cư.