Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an TPHồ Chí Minh đề nghị truy tố Lê Dũng (62 tuổi, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần thực phẩm công nghệ Sài Gòn - viết tắt Công ty CP TPCN Sài Gòn), Lê Tiến Cường (45 tuổi, nhân viên Chi nhánh Bình Đông của Công ty CP TPCN Sài Gòn) về ba tội "Buôn lậu", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Bị can Trần Thị Bích Tuyền (37 tuổi, Giám đốc Công ty TNHH Lam Tuyền và Công ty TNHH Đại Đắc Tài) bị đề nghị truy tố về ba tội "Buôn lậu", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản"; "Đưa hối lộ". 10 bị can tham gia giúp sức khác bị đề nghị truy tố về một hoặc hai trong các tội danh "Buôn lậu", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ", "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Các bị can này nằm trong tổ chức tội phạm mang tính chất xuyên quốc gia, bao gồm người trong nước cấu kết với pháp nhân nước ngoài thành lập các công ty "ma" tại nước ngoài; sau đó ký kết các hợp đồng kinh tế giả tạo với mặt hàng giá trị cao, xuất khẩu các mặt hàng có giá trị thấp hoặc lập khống nhằm tạo dựng bộ hồ sơ xuất khẩu hoàn chỉnh để hoàn thuế GTGT, qua đó chiếm đoạt tiền thuế GTGT của Nhà nước, chiếm đoạt 80,3 tỷ đồng.
Bị can Hứa Châu (trước) và Trần Thị Bích Tuyền được dẫn giải ra khỏi phòng xử
Điều đáng chú ý là trong vụ án này, 27 cán bộ, công chức nguyên là hải quan của TPHồ Chí Minh và tỉnh An Giang bị đề nghị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Trong đó các bị cáo Nguyễn Văn Biên (52 tuổi, nguyên Chi cục trưởng Chi cục Hải quan Cửa khẩu Khánh Bình – tỉnh An Giang), Thái Thanh Nguồn (48 tuổi, nguyên Chi cục phó Chi cục Hải quan Cửa khẩu Khánh Bình), Nguyễn Phi Công (46 tuổi, nguyên Chi cục phó Chi cục Hải quan Cửa khẩu Khánh Bình) mặc dù biết rõ không có hàng hóa xuất khẩu nhưng vẫn chỉ đạo các bộ phận nghiệp vụ tiếp nhận và ký thủ tục thông quan khống, không có hàng hóa thật cho Công ty CP TPCN Sài Gòn để nhận tiền của doanh nghiệp.
Riêng Lâm Thị Thủy đóng vai trò móc nối, nhận tiền từ bị cáo Trần Thị Bích Tuyền chi cho cán bộ hải quan để ký khống tờ khai hàng hóa xuất khẩu, phạm tội "Làm môi giới hối lộ", hiện đang bỏ trốn, Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an TPHồ Chí Minh đã ra Quyết định truy nã, khi nào bắt được sẽ xử lý sau.
Vào tháng 6/2016, vụ án được TAND TPHồ Chí Minh đưa ra xét xử sơ thẩm. Sau phần thẩm vấn tại phiên tòa, hội đồng xét xử quyết định trả hồ sơ, yêu cầu bổ sung chứng cứ đối với Lê Hà (nguyên công chức Chi cục Hải quan khu vực IV - Cục Hải quan TPHồ Chí Minh) về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng", Trịnh Trần Thùy Trang và Nguyễn Thanh Long (nguyên công chức hải quan, công tác tại Chi cục cửa khẩu Khánh Bình - tỉnh An Giang) về tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Sau khi hoàn thành điều tra bổ sung, Cơ quan Cảnh sát điều tra – Công an TP.Hồ Chí Minh quyết định tách vụ án hình sự để tiếp tục điều tra và kết luận xử lý sau đối với các hành vi:
- Lê Hà cố ý giải quyết hồ sơ xuất khẩu thuốc lá theo các tờ khai Hải quan xuất khẩu hàng hóa của Công ty CP TPCN Sài Gòn không đúng quy định, gây thiệt hại đến lợi ích của Nhà nước.
- Trịnh Trần Thùy Trang ký xác nhận hồ sơ xuất khẩu thuốc lá khống cho Công ty CP TPCN Sài Gòn với tổng trị giá hơn 6,2 tỷ đồng.
- Nguyễn Thanh Long ký tờ khai Hải quan hàng hóa xuất khẩu với giá trị hàng hóa hơn 8 tỷ đồng mặt hàng thuốc lá cho Công ty CP TPCN Sài Gòn ra để điều tra xử lý sau.
Do các tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu là độc lập và không liên quan đến các hành vi sai phạm khác; đồng thời xét thấy việc tách vụ án hình sự đối với các tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu có liên quan đến các hành vi trên không ảnh hưởng đến bản chất vụ án cũng như việc xử lý đối với các bị can khác trong vụ án nên Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an TPHồ Chí Minh đã quyết định như trên.