Trong văn bản trả lời về việc tuyển sinh của trường Bộ GD&ĐT cho biết ngày 7/3/2012, Bộ ra quyết định ngừng tuyển sinh năm 2012, đối với nhà trường ĐH vì lý do mất đoàn kết nghiêm trọng trong bộ máy lãnh đạo, dẫn đến mất khả năng điều hành hoạt động của nhà trường, mâu thuẫn nội bộ kéo dài ảnh hưởng uy tín của trường và môi trường giáo dục.
Đến ngày 28/3/2015, nhà trường có công văn đề nghị xem xét cho trường tuyển sinh năm 2015. Trên cơ sở thẩm tra báo cáo của trường và báo cáo của UBND TP.ồ Chí Minh ngày 2/6/2015 Trường ĐH Hùng Vương chưa khắc phục được nguyên nhân đình chỉ tuyển sinh do đó chưa có cơ sở để Bộ cho phép trường tuyển sinh trở lại.
Bộ yêu cầu trường khẩn trương khắc phục nguyên nhân dẫn đến ngừng tuyển sinh; chuẩn bị đủ các điều kiện đất đai, cơ sở vật chất, thiết bị, đội ngũ giảng viên cơ hữu, cán bộ quản lý, nguồn lực tài chính và các điều kiện đảm bảo chất lượng đào tạo theo quy định.
Đến ngày 31/8/2016 nếu Trường ĐH Hùng Vương vẫn chưa khắc phục được các điều trên sẽ có nguy cơ bị giải thể.
Trường ĐH Hùng Vương là đại học tư thục được thành lập năm 1995. Năm 2012 trường chia làm hai phe, tranh chấp quyền lợi nên bị Bộ GD&ĐT đình chỉ tuyển sinh. UBND TP.Hồ Chí Minh cũng ra quyết định đình chỉ chức vụ đối với hiệu trưởng Lê Văn Lý và Chủ tịch HĐQT Đặng Thành Tâm.
Đến năm 2013, UBND TP.HCM ra quyết định không công nhận hiệu trưởng ĐH Hùng Vương đối với ông Lê Văn Lý. Sau đó ông Lý khiếu kiện quyết định hành chính của UBND TP và bị xử thua kiện.
Trong một thời gian trường xảy ra cuộc chiến dành con dấu giữa ông Lê Văn Lý và nhà trường. Để đảm bảo quyền lợi cho sinh viên, UBND TP.Hồ Chí Minh có văn bản đề nghị Cơ quan điều tra Công an thành phố tiến hành khởi tố đối với hành vi cố tình chiếm đoạt, cất giữ trái phép và không bàn giao con dấu của Trường. Trong thời gian này trường phải bổ nhiệm hiệu trưởng tạm quyền.
Năm 2015, hội đồng quản trị Trường ĐH Hùng Vương gửi tờ trình đến UBND TP đề nghị công nhận hiệu trưởng của nhà trường đối với ông Bế Nhật Dục nhưng không công nhận hiệu trưởng. Đến nay trường vẫn không có hiệu trưởng.