Sài Sơn có tên Nôm là núi Thầy, nên chùa được gọi là chùa Thầy. Chùa được xây dựng từ thời nhà Đinh. Đây từng là nơi tu hành của Thiền sư Từ Đạo Hạnh, lúc này núi Thầy còn gọi là núi Phật Tích. Ban đầu chùa Thầy chỉ là một am nhỏ gọi là Hương Hải am, nơi Thiền sư Từ Đạo Hạnh trụ trì. Sau vua Lý Nhân Tông đã cho xây dựng lại gồm hai cụm chùa: chùa Cao (Đỉnh Sơn Tự) trên núi và chùa Dưới (tức chùa Cả) và tiếp tục được hoàn thiện ở các đời sau.
Chùa Thầy có diện tích 2400 m2 gồm 3 tòa nhà đồ sộ, xây dựng song song, hình chữ tam, có hai dãy hàng lang chạy kèm 2 đầu hồi. Với nghệ thuật điêu khắc, kiến trúc độc đáo bằng vật liệu là gỗ và đá truyền thống, mái lợp ngói cổ kiểu mũi hài
Hai bên tả hữu của chùa là hai chiếc cầu: Nhật Tiên Cầu và Nguyệt Tiên Cầu do Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan xây dựng vào năm 1602. Những chiếc cầu này được lợp theo kiểu “Thượng gia hạ kiều” (nhà trên, cầu dưới)
Trước cửa chùa là một hồ nước rộng tên gọi là Long Trì, nước trong hồ quanh năm luôn đầy ắp và trong xanh. Giữa hồ có nhà Thủy Đình, là nơi biểu diễn các trò múa rối nước vào ngày hội truyền thống hàng năm
Bước qua Nguyệt Tiên Kiều là con đường nhỏ dẫn lên núi, với những vách đá dựng đứng rợp bóng cây cổ thụ. Quang cảnh hoang sơ nơi đây được giữ gìn tương đối trọn vẹn
Trên các vách núi đá vẫn còn đó những văn bia ký tự Hán Nôm cổ ghi dấu qua những thời kỳ lịch sử
Nằm ở lưng chừng núi có một ngôi chùa nhỏ là chùa Cao với lối kiến trúc cổ kính và độc đáo bằng gỗ và đá
Nằm bên cạnh chùa cao là hang Thánh Hóa – là nơi thiền sư Từ Đạo Hạnh giải thi (trút xác), hang Thánh Hóa nhỏ hẹp, mờ mờ ảo ảo đầy huyền bí với nhiều vết tích để lại trên vách đá giải thích cho tích thiền sư Từ Đạo Hạnh giải thi
Với các công trình kiến trúc cổ độc đáo, hài hòa với thiên nhiên xung quanh, đã tạo nên không gian đầy thanh tịnh của quần thể di tích chùa Thầy
Ngoài ra thì quần thể chùa thầy còn có nhiều địa điểm độc đáo như Chợ trời, hang Cơ Đắc, đền Thượng, chùa Một Mái, hang Bác Hồ - nơi Bác đã từng sống và hoạt động cách mạng thời kỳ chống Pháp. Là những địa điểm thú vị để du khách khám phá