Mục tiêu giai đoạn 2016 – 2020 là Thúc đẩy sự thay đổi tích cực về nhận thức và trách nhiệm thực hiện bình đẳng giới của cả hệ thống chính trị và toàn xã hội; tăng cường năng lực chuyên môn về bình đẳng giới và lồng ghép giới cho các cơ quan, tổ chức ở các cấp; giảm khoảng cách giới và nâng cao vị thế của phụ nữ trong một số lĩnh vực, ngành, vùng, địa phương có bất bình đẳng giới hoặc có nguy cơ bất bình đẳng giới cao.
Tại hội thảo, đại diện Vụ Bình đẳng giới cho biết: Mục tiêu của giai đoạn 2016 – 2020 phải thể hiện được tính kế thừa và phát huy thành tựu của giai đoạn trước, tiếp tục thực hiện 3 nội dung nhưng phải đi vào thực chất hơn, đòi hỏi kỹ thuật cao hơn. Thứ nhất thúc đẩy thay đổi tích cực về nhận thức và trách nhiệm thực hiện bình đẳng giới của cả hệ thống chính trị và toàn xã hội. Thứ hai nâng cao năng lực về bình đẳng giới và lồng ghép giới cho các bộ, ngành và địa phương. Thứ ba giảm khoảng cách giới một số lĩnh vực, ngành, vùng, địa phương.
Chương trình giai đoạn 2016 – 2020 vẫn giữ nguyên cơ cấu gồm 5 Dự án thành phần đã được quy định tại Chiến lược quốc gia .