Năm 2015, trước khi từ trần, GS.TS Trần Văn Khê đã tiến hành lập vi bằng về Di nguyện của ông, trong đó có việc thành lập Quỹ Học bổng để khuyến khích những học sinh, những nhà nghiên cứu và nghệ sĩ có thành tựu xuất sắc trong học tập, nghiên cứu, phát huy giá trị nghệ thuật dân tộc truyền thống Việt Nam. Sáu năm sau khi ông mất, Quỹ học bổng mang tên Trần Văn Khê đã được ra đời theo Quyết định cấp Giấy phép thành lập số 680/QĐ-UBND, công nhận Điều lệ Quỹ Học bổng Trần Văn Khê ngày 01/3/2021 và Quyết định Công nhận Quỹ đủ điều kiện hoạt động kèm theo công nhận Danh sách thành viên Hội đồng quản lý Quỹ, số 1310/QĐ-UBND ngày 15/4/2021.
Quỹ Học bổng Trần Văn Khê được thành lập, tuy muộn nhưng thành lập đúng vào dịp kỷ niệm 100 năm ngày sinh cố GS.TS Trần Văn Khê là một sự kiện rất có ý nghĩa. GS.TS Trần Văn Khê trọn một đời theo đuổi việc nghiên cứu và phát huy sâu rộng giá trị quý báu của âm nhạc truyền thống Việt Nam ra thế giới. Các chuyên đề nghiên cứu và đào tạo của ông về đờn ca tài tử, về cải lương Việt Nam trong đối sánh với các loại hình âm nhạc, kịch nghệ của các quốc gia châu Á (pansori của Triều Tiên, kinh kịch của Trung Quốc, noh và kabuki của Nhật Bản) đã được giới âm nhạc quốc tế đánh giá rất cao. Từ sự đánh giá đó, nhiều bộ môn văn hóa - nghệ thuật dân tộc của Việt Nam với sự góp sức trực tiếp và gián tiếp của GS Trần Văn Khê đã được UNESCO công nhận là Di sản văn hóa phi vật thể thế giới như Nhã nhạc Cung đình Huế, Không gian văn hóa Cồng chiêng Tây Nguyên, Ca trù, Quan họ Bắc Ninh, Đàn ca tài tử Nam Bộ…
Trong sự nghiệp hoạt động âm nhạc dài hơn 60 năm của mình, Giáo sư Trần Văn Khê đã được nhận nhiều sự vinh danh cao quý: Huy chương bội tinh hạng nhất của chính phủ Việt Nam Cộng hòa, Giải thưởng Âm nhạc của UNESCO (1981), Huân chương Nghệ thuật, Văn chương của Bộ Văn hóa Pháp (1991), Viện sĩ Thông tấn của Viện hàn lâm Khoa học, Văn hóa, Nghệ thuật Châu Âu (1993), Huân chương Lao Động hạng Nhất do Chủ tịch Nước cấp (1999), Giải thưởng Đào Tấn (2005), Giải thưởng Phan Châu Trinh về nghiên cứu (2011) …
Gần mười năm cuối đời, Giáo sư Trần Văn Khê đã chuyển về ở hẳn tại Việt Nam. Với hàng chục nghìn cuốn sách báo, sổ ghi chép, băng từ ghi hình và tiếng cùng nhiều kỷ vật sau hơn nửa thế kỷ sống ở Pháp đã góp phần quan trọng trong việc xây dựng Thư viện Trần Văn Khê tại ngôi nhà ông sống ở 32 Huỳnh Đình Hai, phường 24, quận Bình Thạnh và trở thành một địa chỉ giao lưu văn hóa có giá trị. Ngôi nhà mang đầy đủ dáng dấp của một nhà lưu niệm danh nhân ấy đến nay rất tiếc vẫn còn là mong ước của nhiều người.
Quỹ Học bổng Trần Văn Khê hoạt động theo nguyên tắc phi lợi nhuận, tự nguyện, tự tạo vốn, tự trang trải kinh phí và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật bằng tài sản của Quỹ. Mục đích của Quỹ là thông qua các hoạt động hỗ trợ, tài trợ, xét trao giải thưởng và học bổng thường niên của Quỹ góp phần cổ vũ việc gìn giữ, phát huy các giá trị âm nhạc truyền thống Việt Nam theo di nguyện của Giáo sư Trần Văn Khê, phù hợp với đường lối văn hóa của Nhà nước Việt Nam. Bằng việc sử dụng nguồn vốn hiện có của Quỹ và tiếp nhận các tài sản được các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước tài trợ, hiến tặng hoặc các hình thức khác theo quy định của pháp luật, Quỹ Học bổng Trần Văn Khê sẽ tạo nguồn vốn để thực hiện được mục đích và nhiệm vụ được quy định trong Điều lệ của Quỹ.
Trong năm 2021, do bị ảnh hưởng dịch Covid kéo dài nên Quỹ Học bổng Trần Văn Khê đã không thể tổ chức sự kiện ra mắt Quỹ và xét trao học bổng, giải thưởng năm đầu tiên theo kế hoạch đã công bố đúng dịp 100 năm ngày sinh Giáo sư Trần Văn Khê (24.7.1921 – 24.7.2021) cùng các hoạt động khác vào tháng 11 năm 2021. Mặc dù vậy, với tất cả sự nỗ lực và tuân thủ quy định phòng chống dịch, Quỹ Học bổng Trần Văn Khê đã quyết định tổ chức Lễ Kỷ niệm 100 năm sinh Giáo sư Trần Văn Khê vào 9h ngày 23 tháng 12 năm 2021 (thứ năm) tại Đại học Văn Lang.
Cũng trong dịp này, Nhóm thân hữu Trần Văn Khê sẽ phối hợp với NXB Tổng hợp TP.HCM ấn hành 2 cuốn sách “Trần Văn Khê – Đường đến Dân tộc nhạc học” và “Trần Văn Khê – Trăm năm Tâm và Nghiệp”. Sách sẽ được bán để gây Quỹ học bổng Trần Văn Khê.
Việc trao tặng học bổng và giải thưởng Trần Văn Khê sẽ được thực hiện trong năm 2022 với sự xem xét của Hội đồng Nghệ thuật do Quỹ Học bổng Trần Văn Khê ra quyết định thành lập.