Trước đó, Báo LĐ&XH số 48 (ra ngày 21/4/2015), có đăng bài: “Viện KSND TP. Tuyên Quang: Truy tố bằng hồ sơ có nhiều dấu hiệu sai phạm?”, phản ánh trong quá trình điều tra vụ án có nhiều sai phạm về tố tụng. Khi ra tòa các bị cáo luôn phủ nhận những lời khai của mình tại cơ quan điều tra và cho rằng các lời khai thể hiện trong các bút lục hồ sơ vụ án là do các bị cáo bị ép cung, thậm chí bị dùng nhục hình.
Sau đó, các cơ quan chức năng đã vào cuộc và đến tháng 6/2014, cơ quan CSĐT Công an tỉnh Tuyên Quang đã có kết luận với nội dung: “Điều tra viên Thạch Văn Thời đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, giữ trái pháp luật một số tài sản của bị cáo Lê Thị Thanh Xuân trong quá trình điều tra. Sai phạm của ông Thời và những người liên quan trách nhiệm được giao cho Trưởng Công an TP. Tuyên Quang chỉ đạo kiểm điểm, tùy tính chất mức độ để có hình thức kỷ luật”. Sau đó ông Thời bị kỷ luật với hình thức tước quân tịch...
Quyết định tạm đình chỉ điều tra vụ án.
Tuy nhiên, sau đó Viện KSND TP. Tuyên Quang vẫn sử dụng hồ sơ vụ án có nhiều sai phạm trên để làm căn cứ truy tố các bị cáo. Các bị cáo trong vụ án cùng bị truy tố về tội "Cưỡng đoạt tài sản" gồm: Lê Thị Thanh Xuân (trú tại huyện Sơn Dương, Tuyên Quang) cùng Nguyễn Văn Tuấn (46 tuổi) và Nguyễn Quốc Toàn (43 tuổi) trú tại quận Ngô Quyền (TP. Hải Phòng). Theo Viện KSND TP. Tuyên Quang, lý do của việc tạm đình chỉ vụ án là do Cơ quan điều tra của VKSND Tối cao đã vào cuộc điều tra làm rõ nghi vấn về việc bị cáo Nguyễn Văn Tuấn bị các điều tra viên, cán bộ điều tra của Cơ quan CSĐT Công an TP. Tuyên Quang bức cung, nhục hình trong quá trình bị giam giữ.
Trước đó, vụ án từng được nhiều lần đưa ra xét xử sơ thẩm, rồi hội đồng xét xử phúc thẩm đã hủy bản án sơ thẩm. Sau nhiều lần hoãn vì những lý do khác nhau, vụ án được TAND TP. Tuyên Quang đưa ra xét xử lại theo thủ tục sơ thẩm trong 3 ngày 15, 16 và 17/6/2015. Kết thúc phiên tòa, hội đồng xét xử sơ thẩm tuyên trả lại hồ sơ vụ án cho VKSND TP yêu cầu điều tra bổ sung làm rõ nhiều vấn đề..., trong đó có việc các bị cáo tố là bị bức cung, nhục hình trong quá trình điều tra.