Tính đến hết tháng 9/2016, tổng số tiền chi cho việc khám chữa bệnh bảo hiểm y tế tại thành phố Hồ Chí Minh là 6.633 tỷ đồng, trong đó chi cho đối tượng đến từ các tỉnh, thành khác là 2.507 tỷ đồng.
Hiện quỹ khám chữa bệnh bảo hiểm y tế đang vượt quỹ là 179,2 tỷ đồng, vượt trần 376,7 tỷ đồng. Số tiền vượt quỹ, vượt trần hiện nay Bảo hiểm xã hội Thành phố Hồ Chí Minh vẫn chưa thanh toán cho các bệnh viện.
Nguyên nhân của việc vượt quỹ, vượt trần trên là do tác động của việc thông tuyến khám chữa bệnh trong thời gian qua. Công tác quản lý thông tuyến còn lỏng lẻo, các cơ sở khám chữa bệnh còn có nhiều sai sót trong chuyên môn, thủ tục pháp lý, hành chính trong khám chữa bệnh bảo hiểm y tế.
Để khắc phục tình trạng trên, Sở Y tế Thành phố yêu cầu các cơ sở khám chữa bệnh phải hạn chế đến mức thấp nhất việc sử dụng vượt quỹ, vượt trần, đưa ra các giải pháp cụ thể để đơn giản thủ tục hành chính trong khám chữa bệnh bảo hiểm y tế, tránh gây phiền hà, thủ tục rườm rà cho bệnh nhân sử dụng thẻ. Bảo hiểm xã hội thành phố cũng đề nghị các cơ sở khám chữa bệnh phân tích nguyên nhân vượt quỹ, vượt trần, tìm ra biện pháp phù hợp để khăc phục sai sót trong thời gian qua.