Nhằm bảo vệ khách hàng, những ngày qua Vietnam Airlines đã nỗ lực phối hợp với các đối tác tổ chức rà soát, kiểm tra và đánh giá hệ thống để mọi hoạt động diễn ra thông suốt, không bị gián đoạn. Việc lưu trữ các thông tin đặt chỗ và thanh toán của khách hàng phục vụ đối chiếu thanh toán đảm bảo an toàn, an ninh theo chuẩn quốc tế. Mã số bảo mật thẻ thanh toán (CVC, CSC, CVV,…) mà khách hàng sử dụng khi giao dịch trực tuyến không được lưu trữ tại bất kì hệ thống nào của Vietnam Airlines.
Ngân hàng Ngoại thương Việt Nam (Vietcombank) là ngân hàng đi đầu trong lĩnh vực thẻ thanh toán tại Việt Nam và đồng thời là ngân hàng cung cấp dịch vụ thanh toán trực tuyến cho Vietnam Airlines cũng khẳng định thông tin thanh toán của khách hàng cung cấp, trong quá trình mua vé trực tuyến trên website Vietnam Airlines đến nay vẫn được đảm bảo an toàn. Vietcombank cam kết tiếp tục cung cấp dịch vụ thanh toán thẻ trực tuyến an toàn bảo mật cho khách hàng.
Theo Vietnam Airlines, toàn bộ các giao dịch đặt chỗ và thanh toán của chức năng mua vé trực tuyến trên website www.vietnamairlines.com thông qua đối tác được thực hiện trực tiếp giữa khách hàng với hệ thống đặt vé máy bay trực tuyến (internet booking engine) và cổng thanh toán (payment gateway) của đối tác cung cấp hệ thống máy chủ đặt tại Mỹ, không đi qua hệ thống công nghệ thông tin của Vietnam Airlines.
Trước đó, vào ngày 29/7/2016, hệ thống mạng thông tin trên website: www.vietnamairlines.com của Vietnam Airlines đã bị tin tặc tấn công, nhiều thông tin tài khoản hội viên Bông Sen Vàng của Vietnam Airlines đã bị rò rỉ. Sự việc trên không chỉ gây ảnh hưởng đến hoạt động của Vietnam Airlines mà còn khiến nhiều khách hàng lo ngại về độ bảo mật thông tin cá nhân liên quan tới các giao dịch trực tuyến của thẻ Bông Sen Vàng.
Truiwsc sự việc này, ngày 1/8, Vietnam Airlines ra thông báo khắc phục xong sự cố hệ thống công nghệ thông tin nhưng Vietnam Airlines cũng cho biết, sẽ tạm ngừng các chức năng trực tuyến đối với thẻ Bông Sen Vàng, để đảm bảo an toàn cho hội viên.