Các hoạt động giúp đỡ, hỗ trợ trẻ em khó khăn của các cấp, các ngành, các tổ chức chính trị-xã hội luôn được duy trì thường xuyên. Nổi bật là Trung tâm Công tác xã hội tỉnh phối hợp cùng với các tổ chức, cá nhân tổ chức các hoạt động thiện nguyện tặng qùa cho trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn, tổ chức cho các em chơi các trò chơi có định hướng giáo dục kỹ năng sống qua các chương trình "Xuân Yêu thương", chương trình "Đom đóm thắp sáng tương lai", "Điều ước cho em", "Hè yêu thương", "Trung thu" , "Mùa đông ấm áp"....
Quỹ Bảo trợ trẻ em tỉnh cũng đã vận động từ các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước hỗ trợ cho trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt bằng nhiều hình thức như tặng xe đạp, học bổng bảo trợ dài hạng, phẫu thuật chỉnh hình, phẫu thuật tim, phẫu thuật khe hở vòm miệng, trao tập vở học sinh...
Thông qua nguồn Quỹ Bảo trợ trẻ em, trong năm 2020, Sở LĐ-TB&XH đã tổ chức thăm và tặng quà cho các cơ sở bảo trợ trẻ em khó khăn được nuôi dưỡng trong các cơ sở bảo trợ xã hội trên địa bàn tỉnh gồm: Chùa Hải Sơn (thị xã Sông Cầu), Cô Nhi Viên Mằng Lăng (huyệnTuy An) và Trung tâm Nuôi dưỡng Người có công và Bảo trợ xã hội tỉnh. Tổ chức điểm Tết trung thu của tỉnh tại xã Eatrol (huyện Sông Hinh) có hơn 600 người tham dự. Nhân dịp Tết trung thu đã tặng 564 suất quà cho trẻ em và 4 phần quà cho trẻ em đang nuôi dưỡng tại các cơ sở bảo trợ xã hội, trị giá 45,8 triệu đồng.
Tặng quà cho trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt tại Cô Nhi Viện Mằng Lăng (huyện Tuy An)
Quỹ Bảo trợ trẻ em tỉnh cũng đã triển khai nhiều hoạt động giúp đỡ trẻ em có hoàn cảnh khó khăn khác như giới thiệu 14 trẻ em bị bệnh tim bảo gửi các đơn vị tài trợ: Children action, Quỹ Hiểu về trái tim, Hội Bệnh nhân nghèo Tp. Hồ Chí Minh, Vinacapitol với số tiền 1,476 tỷ đồng. Triển khai Chương trình "Quỹ sữa vươn cao" cho học sinh đang theo học các trường dân tộc nội trú và trung tâm phát triển hòa nhập cộng đồng năm học 2019-2020, có 69 trẻ em thụ hưởng với số tiền 37 triệu đồng. Triển khai Chương trình "Gói mì hạnh phúc" cho 266 học sinh đang theo học các trường dân tộc nội trú và trung tâm phát triển hòa nhập cộng đồng năm học 2019-2020 và trẻ em đang nuôi dưỡng tại các cơ sở bảo trợ xã hội, với số tiền 46 triệu đồng. Phối hợp tổ chức Children action tặng 10.000 tập vở cho 500 em học sinh khó khăn thuộc huyện Tuy An, với số tiền 51 triệu đồng. Phối hợp Quỹ Bảo trợ trẻ em Việt Nam, Câu Lạc bộ Ấm tình yêu thương do công ty Cổ phần xây dựng Sài Gòn SCC đơn vị tài trợ xây dựng 1 Cống tràn kết hợp giao thông tại Xã Sơn Hội- huyện Sơn Hòa với số tiền hơn 2,1 tỷ đồng và hiện đang thi công, dự kiến cuối năm 2020 sẽ hoàn tất. Khi công trình hoàn thành sẽ mang lại lợi ích lớn về giao thương kinh tế, sinh hoạt của bà con dân tộc miền núi và tạo điều kiện thuận lợi cho trẻ em đến trường dễ dàng, tránh xảy ra tình trạng đuối nước khi mùa mưa lũ về.
Theo Sở LĐ-TB&XH tỉnh Phú Yên, tổng số tiền vận động Quỹ Bảo trợ trẻ em tỉnh thông qua các chương trình, dự án đến tháng 10/2020 là 3,716 tỷ đồng; có 849 trẻ em được thụ hưởng, vượt 85% so với chỉ tiêu kế hoạch đề ra. Kết quả từ năm 2013-2020 đã vận động được 40,687 tỷ đồng hỗ trợ cho 30.240 trẻ em thụ hưởng, trong đó Quỹ Bảo trợ trẻ em tỉnh vận động được số tiền là 21,844 tỷ đồng, hỗ trợ cho 14.570 trẻ em khó khăn và Trung tâm công tác Xã hội vận động 18,843 tỷ đồng, hỗ trợ cho 15.670 trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt.
Cũng theo thống kê của Sở LĐ-TB&XH tỉnh Phú Yên, nếu năm 2012, toàn tỉnh có 19.000 trẻ em khó khăn, chiếm 7,5 % tổng số trẻ em thì đến năm 2020 còn 1.444 trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt trên địa bàn toàn tỉnh, chiếm 0.8% trên tổng số trẻ em. Trong đó 100% trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt được trợ giúp với nhiều hình thức trợ giúp khác nhau, như được nuôi dưỡng trong các cơ sở bảo trợ xã hội, được trợ giúp về giáo dục, y tế và được hưởng trợ cấp hàng tháng từ ngân sách nhà nước.