Nội dung Tờ trình đánh giá cơ cấu tổ chức Chính phủ nhiệm kỳ khóa 2011-2016 khẳng định những kết quả cũng như những mặt còn hạn chế cần tiếp tục hoàn thiện, từ đó đề xuất phương án cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ 2016-2021 với mục tiêu, yêu cầu là xây dựng cơ cấu tổ chức của Chính phủ tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả, bảo đảm thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của Chính phủ với vị trí là cơ quan hành chính Nhà nước cao nhất, thực hiện quyền hành pháp, là cơ quan chấp hành của Quốc hội, đáp ứng vai trò quản lý Nhà nước trong nền kinh tế thị trường, định hướng XHCN và hội nhập quốc tế.
Việc kiện toàn cơ cấu tổ chức Chính phủ nhiệm kỳ 2016-2021 được đặt trong tổng thể yêu cầu đổi mới, kiện toàn bộ máy Nhà nước và các cơ quan trong hệ thống chính trị từ Trung ương đến địa phương.
Về cơ cấu tổ chức Chính phủ nhiệm kỳ 2016-2021, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc nhấn mạnh từ thực tiễn hoạt động thời gian qua cho thấy, cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ mới về cơ bản là phù hợp, Chính phủ đã hoàn thành chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của Hiến pháp, Luật Tổ chức Chính phủ và các luật liên quan.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định, phương án tổ chức nhiệm kỳ 2016-2021 là xây dựng cơ cấu tổ chức Chính phủ phải tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả, bảo đảm thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của Chính phủ với vị trí là cơ quan hành chính nhà nước cao nhất, thưc hiện quyền hành pháp, là cơ quan chấp hành của Quốc hội, đáp ứng vai trò quản lý nhà nước trong nền kinh tế thị trường, định hướng xã hội chủ nghĩa và hội nhập quốc tế. Việc kiện toàn cơ cấu tổ chức Chính phủ được đặt trong tổng thể yêu cầu đổi mới, kiện toàn bộ máy nhà nước và các cơ quan trong hệ thống chính trị từ Trung ương đến địa phương.
Chính phủ đề nghị Quốc hội xem xét, quyết định cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIV giữ ổn định như khóa XIII gồm 18 Bộ và bốn cơ quan ngang Bộ, cụ thể gồm: Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Ngoại giao, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Công Thương, Bộ nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Xây dựng, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ Lao động, thương binh và Xã hội, Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Bộ Khoa học và công nghệ, Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Y tế và bốn cơ quan ngang Bộ gồm: Ủy ban Dân tộc, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Thanh tra Chính phủ và Văn phòng Chính phủ.
Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cùng các thành viên mới của Chính phủ ra mắt Quốc hội tại kỳ họp thứ 11, Quốc hội khóa 13
Báo cáo thẩm tra về cơ cấu tổ chức của Chính phủ, Chủ nhiệm Ủy ban pháp luật của Quốc hội Nguyễn Khắc Định khẳng định cơ cấu tổ chức của Chính phủ gồm 18 bộ và 4 cơ quan ngang bộ đã được thực hiện ổn định từ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XII đến nay, đúng với chủ trương của Đảng, Nghị quyết của Quốc hội và phù hợp với tình hình thực tế của nước ta trong thời gian qua.
Nhiệm kỳ 2011-2016, Chính phủ tiếp tục duy trì tổ chức bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực và mỗi việc, mỗi lĩnh vực chỉ giao cho một cơ quan chủ trì thực hiện chịu trách nhiệm chính, đồng thời coi trọng công tác phối hợp tổ chức thực hiện. Chính phủ đã tập trung quản lý điều hành vĩ mô, bao quát các chức năng nhiệm vụ trên các mặt của đời sống kinh tế-xã hội một cách có hiệu quả, cơ bản phù hợp với tình hình thực tế và yêu cầu chỉ đạo điều hành trong bối cảnh phải đối phó với rất nhiều khó khăn, thách thức.
Công tác xây dựng thể chế, cải cách hành chính Nhà nước được đẩy mạnh, bộ máy hành chính Nhà nước từ Trung ương đến cơ sở tiếp tục được kiện toàn, khắc phục cơ bản những chồng chéo, trùng lắp và bỏ sót nhiệm vụ. Sự phối hợp giữa các cơ quan chặt chẽ và hiệu quả hơn. Cơ cấu tổ chức các bộ, bên trong các bộ tích cực được sắp xếp, điều chỉnh.
Về phương án cơ cấu tổ chức Chính phủ nhiệm kỳ mới, Ủy ban Pháp luật nhất trí với cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIV như trong nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIII, gồm 18 bộ, 4 cơ quan ngang bộ. Việc thực hiện theo phương án này phù hợp với chủ trương của Đảng, Hiến pháp, Luật Tổ chức Chính phủ và đáp ứng yêu cầu thực tiễn.