Trụ sở Tổng công ty Đường sắt Việt Nam trên đường Lê Duẩn, Hà Nội.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, vào năm 2001, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam - Bộ Giao thông vận tải (trước đây là Liên hiệp Đường sắt Việt Nam) được Chính phủ cấp vốn 60 tỷ đồng để nhập khẩu ray chuyên dùng, dự phòng cho các nhu cầu phát sinh đột xuất và sửa chữa, nâng cấp cơ sở hạ tầng đường sắt hàng năm. Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã thực hiện nhập khẩu 37.742 tấn ray, giá trị nhập khẩu trên 317,5 tỷ đồng.
Tuy nhiên, tổng công ty này chỉ tổ chức mời thầu, xét thầu 2 lần mua ray, khối lượng 15.000 tấn, giá trị trên 98 tỷ đồng; các lần còn lại giao nhiệm vụ cho 3 công ty thành viên là công ty cổ phần tổ chức đấu thầu, chào hàng cạnh tranh, chỉ định nhà cung cấp và đàm phán giá, khối lượng 22.742 tấn, giá trị trên 212,6 tỷ đồng.
“Việc tổ chức đấu thầu, chào hàng cạnh tranh, chỉ định nhà cung cấp và đàm phán như trên là sai với quy định tại Điều 8 Luật Doanh nghiệp và Điều 147 Luật Doanh nghiệp: “Hợp đồng giao dịch và quan hệ khác giữa công ty mẹ và công ty con đều phải được thiết lập và thực hiện độc lập, bình đẳng theo điều kiện áp dụng đối với các chủ thể pháp lý độc lập”. Các đợt nhập khẩu ray, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam phê duyệt các chi phí giá thành nhập khẩu và giá bán cho các công ty quản lý đường sắt mua để đưa vào các công trình duy tu, bảo trì, sửa chữa, nâng cấp đường sắt thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách Nhà nước”- Thanh tra Chính phủ nêu rõ.
Từ năm 2005, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam thu hồi nguồn vốn ngân sách nhà nước cấp để nhập khẩu ray dự phòng từ 3 công ty thành viên về tổng công ty trực tiếp quản lý, sau đó cho các công ty cổ phần (mà Tổng công ty Đường sắt Việt Nam giao nhiệm vụ nhập khẩu) vay để nhập khẩu ray, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam thu lãi nhưng lại phê duyệt chi phí vay vốn và một số khoản chi phí khác không đủ căn cứ, không đúng quy định vào giá thành ray nhập khẩu và giá bán ray các đợt từ năm 2005-2011, số tiền trên 11 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ khẳng định việc này đã làm tăng tương ứng giá bán ray cho công tác duy tu, bảo trì, sửa chữa, nâng cấp đường sắt, dẫn đến thất thoát do vốn ngân sách phải thanh toán cho khoản phê duyệt giá ray không đúng chế độ số tiền trên 11 tỷ đồng.
Ngoài ra, đến cuối năm 2013, số dư Quỹ hỗ trợ sắp xếp doanh nghiệp của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam còn 314 triệu đồng (thu 53,5 tỷ đồng, chi gần 53,2 tỷ đồng). Theo quy định của Bộ Tài chính, đối tượng được quỹ hỗ trợ vốn đầu tư là các doanh nghiệp thuộc đối tượng nhà nước cần thiết phải duy trì 100% vốn, có phương án đầu tư được cơ quan thẩm quyền phê duyệt hoặc điều chuyển về Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn nhà nước; bổ sung vốn điều lệ cho các tập đoàn, tổng công ty nhà nước,...
Tuy nhiên, giai đoạn từ năm 2008 đến hết năm 2013, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã sử dụng quỹ để đầu tư đổi mới công nghệ trên 25,6 tỷ đồng, bổ sung duy trì đủ tỷ trọng vốn tại các công ty cổ phần 16 tỷ đồng là những đối tượng không thuộc diện được sử dụng quỹ theo quy định.
Thanh tra Chính phủ phát hiện rất nhiều sai phạm tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam và các đơn vị thành viên.
Tổng công ty Đường sắt Việt Nam cũng đầu tư 3 dự án máy móc thiết bị quy mô gần 294 tỷ đồng và không trực tiếp sử dụng tài sản, nhưng khi đã giao cho các công ty thành viên lại không hạch toán phản ánh quan hệ kinh tế và hiệu quả đầu tư, kinh doanh. Tổng công ty này cũng để 15 công ty quản lý đường sắt và công ty cổ phần công trình đường sắt chiếm dụng vốn từ năm 2004 đến năm 2013 nhưng không có biện pháp xử lý. Cụ thể vào thời điểm 31/12/2013, 15 công ty quản lý đường sắt chiếm dụng số tiền trên 59 tỷ đồng, công ty cổ phần công trình đường sắt chiếm dụng trên 57,6 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, khoản phải thu khác của Công ty cổ phần Công trình đường sắt số tiền 358/387 tỷ đồng, phát sinh do công ty này thực hiện bán ray thuộc Dự án mua ray bảo trì, sửa chữa đường sắt bằng vốn vay của Chính phủ Áo (gọi tắt là ray Áo) sau khi được Tổng công ty Đường sắt Việt Nam giao ủy thác nhập khẩu. Hoạt động này, tổng công ty là chủ sở hữu của toàn bộ ray Áo nhưng khi bán cho các công ty quản lý đường sắt không xuất hóa đơn giá trị gia tăng, không phản ánh doanh thu là sai quy định của Bộ Tài chính.
Thanh tra Chính phủ cho rằng từ việc làm sai trên đã dẫn tới việc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam không kê khai nộp thuế giá trị gia tăng đầu vào của ray Áo, Công ty cổ phần Công trình đường sắt chỉ là đơn vị nhận ủy thác nhập khẩu nhưng lại kê khai thuế giá trị gia tăng đầu vào như chủ sở hữu tài sản và không xuất hóa đơn giá trị gia tăng cho Tổng công ty Đường sắt Việt Nam là bên ủy thác tương ứng số thuế giá trị gia tăng đầu vào trên 29 tỷ đồng.
“Việc quản lý giao dịch tài sản không đúng, chỉ hạch toán công nợ phải thu với Công ty cổ phần công trình đường sắt mà không hạch toán hoạt động kinh doanh Dự án ray Áo quy mô 387,4 tỷ đồng, tiềm ẩn việc thất thoát thuế thu nhập doanh nghiệp của nhà nước, có dấu hiệu vi phạm Điều 165 Bộ luật Hình sự năm 1999, tội Cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”- kết luận chỉ rõ.
Liên quan đến vốn đầu tư ra ngoài doanh nghiệp của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, Thanh tra Chính phủ cho biết năm 2010 là 481,5 tỷ đồng và đến năm 2013 là trên 531 tỷ đồng; trong đó, khoản đầu tư vào Công ty liên doanh MINZX từ khi thành lập vào năm 1996 đến nay không có lợi nhuận, số vốn góp trên 1,7 tỷ đồng đã mất vốn phải trích lập dự phòng nhưng chưa được xử lý theo quy định. Việc quản lý lợi nhuận, cổ tức được chia lỏng lẻo, số nợ đọng kéo dài chưa thu được trên 84,6 tỷ đồng, trong đó các công ty TNHH MTV nợ trên 31,2 tỷ đồng, các công ty liên doanh, liên kết nợ trên 47,8 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính cùng với việc kiểm tra, đánh giá toàn diện việc thực hiện tái cơ cấu doanh nghiệp, rà soát hoạt động kinh doanh, quản lý khai thác kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt thì tiến hành xem xét để xử lý các khoản tiền có sai phạm trên 131 tỷ đồng phù hợp thực tế, có tính khả thi tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam. Giao Tổng công ty Đường sắt Việt Nam và các công ty thành viên rà soát, điều chỉnh, hạch toán đúng quy định đối với 11 nội dung, tổng số tiền trên 1.109 tỷ đồng; kiến nghị xử lý đảm bảo đúng chế độ tài chính kế toán, xác định các chỉ tiêu tài chính, kết quả kinh doanh sau điều chỉnh. Cơ quan thanh tra kiến nghị Bộ Giao thông vận tải xử lý 4 khoản trên 75 tỷ đồng và 303.920 EUR.
Trong phần kiến nghị xử lý sau thanh tra, Thanh tra Chính phủ không chuyển hồ sơ vụ việc sai phạm nào ở Tổng công ty Đường sắt Việt Nam sang Bộ Công an. Tuy nhiên kết luận thanh tra được Tổng Thanh tra Chính phủ ký duyệt dựa trên biên bản làm việc với đại diện Bộ Công an, đại diện VKSND Tối cao và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ (văn bản số 170/TB-VPCP ngày 8/7/2016 của Văn phòng Chính phủ).