Theo đó, mức phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt được Bộ Tài chính đề xuất giảm từ 8% hiện nay (quy định tại Thông tư số 295/2016/TT-BTC) về mức 4% trên doanh thu kinh doanh vận tải đường sắt. Mức giảm này dự kiến có hiệu lực đến hết ngày 31/12/2021.
Doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt thực hiện kê khai, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt theo tháng, quyết toán năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2020 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; nộp 100% số tiền phí vào ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương) theo chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.Kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2022 trở đi, phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt thực hiện theo quy định tại Thông tư số 295/2016/TT-BTC ngày 15 tháng 11 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt.
Cùng với đó, Bộ Tài chính cũng xin ý kiến góp ý về việc bãi bỏ Thông tư số 21/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về phương thức thu phí và mức thu phí, giá thuê sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia, do đã hết hiệu lực thi hành theo quy định tại Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật cũng như hiệu lực thực tế.